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La flore commensale est un ensemble complexe de bactéries et protozoaires, se situant sur la peau et sur une grande partie des muqueuses[1]. Elle est présente dès la naissance.
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Elle joue un rôle majeur dans le processus de digestion et les équilibres des épithéliums (pH, biofilm, synthèse de vitamine, digestion de la cellulose...). Elle assure également un rôle primordial dans le contrôle des infections et le système immunitaire.
La nature de la flore commensale est différente selon les espèces, et dépend, entre autres, de l'alimentation. Il est difficile de connaître avec précision sa composition.
On peut y trouver, entre autres, et selon les endroits :
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