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La monophylie, du grec monos « seul » et phulon « tribu », est la caractéristique d'un groupe qui contient l'espèce souche dont descendent tous ses membres.
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Deux écoles de taxonomie s'affrontent sur le sens exact à attribuer à la monophylie.
Pour les évolutionnistes, la définition ci-dessus est suffisante (Simpson 1961)[1]. Elle correspond logiquement à deux situations différentes : l'holophylie (du grec holos « tous ») et la paraphylie. Dans le premier cas le groupe comprend tous les descendants de l'ancêtre commun, tandis que dans le second cas certains descendants sont exclus du groupe. La monophylie sensu Simpson s'oppose à la polyphylie.
Pour les cladistes, le terme de monophylie doit obligatoirement inclure tous les descendants de l'ancêtre commun (Hennig 1966)[2], ce qui en fait un synonyme de holophylie. Un groupe monophylétique sensu Hennig est donc un clade. Il s'oppose aux groupes paraphylétiques et polyphylétiques.
Cette situation a malheureusement pour conséquence que le terme monophylétique est ambigu hors contexte. Il serait donc préférable de lui substituer pour la clarté de l'exposé le terme holophylétique (qui n'est lui jamais ambigu) lorsque le groupe ainsi qualifié est un clade. L'usage actuellement majoritaire semble cependant être celui adopté par Hennig.
La présence de caractères dérivés communs à différents taxons (appelés alors caractères dérivés propres ou synapomorphies) permet de regrouper ceux-ci sous un même nom, représentatif du caractère monophylétique du groupe. Par exemple, la présence d'un noyau dans les cellules des eucaryotes.
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