La mycologie (du grec ancien µύκης; « champignon ») est la science étudiant les champignons. Assez proche de la botanique qui étudie les plantes, elle englobe traditionnellement l'étude des myxomycètes, bien qu'il s'agisse d'organismes n'ayant pas la même structure que les champignons (récemment sortis du règne des champignons car ils n'ont pas de paroi cellulaire). De même les Oomycètes, bien qu'à présent rattachés aux Straménopiles, sont toujours étudiés par les mycologues.
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Les anciens n'ont laissé aucun document vraiment scientifique concernant les champignons et deux auteurs seulement méritent d'être mentionnés : Pline l'Ancien pour son Historia naturalis et Dioscoride pour les usages thérapeutiques de quelques champignons dans De re medica. Ces textes, ne mentionnant qu'une vingtaine d'espèces n'ont toutefois qu'un intérêt archéologique, hormis d'avoir légué à la science des mots comme Myco, Amanita, Boletus ou Tuber.
L'étude des champignons remonte sans doute au XVIe siècle avec :
Telle est la base de la mycologie.
L'étude scientifique des champignons débute avec le Suédois Linné (°1707 - +1778) et son ouvrage Species plantarum (1753), encore que les champignons n'y occupent pas une place vraiment séparée du reste des plantes. C'est le botaniste français Paulet (1740-1826) qui le premier a proposé (en 1795) le mot « mycologie » pour désigner la science étudiant les champignons (terme qui s'imposa devant fungologie).
Le premier ouvrage exclusivement consacré aux champignons a été publié en 1801 par le Sud-africain Persoon (1755-1837) (Synopsis methodica fungorum), mais on retiendra surtout le travail d'un autre Suédois, Fries (1794-1878), qui publia les trois volumes de son Systema Mycologicum entre 1821 et 1832 ; puis le travail de l'Italien Saccardo (1845-1920) qui publia un monumental ouvrage de classification à la fin du XIXe siècle Sylloge fungorum omnium hucusque cognitorum.
Le travail important des mycologues et des botanistes du XIXe siècle aboutit au Code international de nomenclature botanique (CINB), créé à Vienne en 1905 et qui fait toujours jurisprudence. On remarquera que, même si les champignons constituent aujourd'hui un règne du vivant séparé de celui des plantes, on continue de leur appliquer la nomenclature botanique.
La systématique mycologique se trouve privée d'un grand nombre des moyens qui ont permis aux autres branches de l'histoire naturelle de faire des progrès rapides. En effet, les champignons étant de poussée capricieuse et éphémère, leur récolte reste soumise au hasard, nécessitant de nombreuses visites infructueuses. De plus, ils exigent l'observation in vivo car beaucoup de caractères essentiels disparaissent. Enfin, très peu d'espèces peuvent être cultivées pour observer leur croissance en culture pure, ou tenter des fécondations expérimentales instructives. Il faut donc en moyenne une quinzaine d'années pour pouvoir étudier vivantes la plupart des espèces d'un genre donné[réf. nécessaire].
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La taxinomie des champignons est soumise à une hiérarchie similaire à celle des plantes, les divers suffixes utilisés permettant de visualiser les rangs taxinomiques de cette hiérarchie. Sachant que le sommet de la hiérarchie est le domaine (en l'occurrence, celui des Eucaryotes ou Eukaryota), suivi du règne (ici les Fungi ou champignons), le reste de la nomenclature se fait selon les terminaisons latines suivantes :
Suivent le genre (éventuellement divisé en sous-genres, sections, sous-sections, séries et sous-séries) et l'espèce (divisions possibles : sous-espèce, variété, sous-variété, forme, subforme, forme spéciale, race), le tout permettant de définir un individu.
Si l'ensemble des taxons est clairement défini, ce que l'on met dedans l'est beaucoup moins, d'autant que les études sur l'ADN entraînent de profonds bouleversements. À titre d'exemple, on précisera que, jusque dans les années 1990, on classait les champignons en quatre divisions : Gymnomycètes, Deutéromycètes, Mastigomycètes, Amastigomycètes. Aujourd'hui, il y a toujours quatre divisions, mais ce ne sont plus les mêmes : Chytridiomycètes, Zygomycètes, Ascomycètes, Basidiomycètes.
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