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Un caractère synapomorphique, ou synapomorphie (du grec συν, « commun », απο, « dérivé de » et μορφος, « forme »), est un caractère dérivé (ou apomorphique), partagé par deux ou plusieurs taxons. Une synapomorphie détermine un groupe monophylétique, ou clade, seul groupe reconnu par la cladistique. C'est une notion plus récente que celle d'homologie qui a émergé suite aux travaux récents des phylogénéticiens.
Un caractère partagé peut être hérité d'un ancêtre commun (homologie) mais non dérivé, c'est alors une symplésiomorphie, qui détermine un groupe paraphylétique, une partie de la descendance ayant acquis le caractère dérivé.
Des organes homologues sont l'expression d'une synapomorphie mais la synapomorphie ne concerne pas obligatoirement des organes dont il faut détecter l'homologie, elle peut porter sur des organes parfaitement identiques ou elle peut porter sur des caractères qui ne sont pas anatomiques (par exemple biochimiques).
Tous les organismes vivants présentant des caractères synapomorphiques peuvent être regroupés dans un même ensemble : par exemple l'existence de plumes et la transformation des clavicules en une fourchette sont des caractères synapomorphiques des oiseaux.
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