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Le thylakoïde [du grec thylakos, sac, et oides, semblable] (on peut aussi écrire : thylacoïde) est un ensemble de membranes présent chez les cyanobactéries et dans les chloroplastes où se déroule la phase photochimique (ou claire) de la photosynthèse.
L'espace intérieur délimité par les membranes du thylakoïde s'appelle le lumen.
L'espace extérieur est le cytoplasme chez les cyanobactéries, ou le stroma des chloroplastes chez les Eucaryotes photosynthétiques.
Les chlorophylles se trouvent dans les membranes thylakoïdales. Elles font partie des photosystèmes, disposés spécifiquement :
Dans les chloroplastes des plantes vertes, les piles de thylakoïdes forment des grana.
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